As exportações de produtos agrícolas possuem muitas vantagens tributárias, mas também podem existir algumas desvantagens. Os impostos como PIS e Cofins junto ao ICMS são responsáveis por grande parte da tributação sobre os produtos agrícolas vendidos por pessoas jurídicas no Brasil, mas para as exportações de produtos primários e industrializados semi-elaborados estão desonerados do ICMS, bem como no PIS e na Cofins onde não há incidência destes impostos sobre as matérias-primas exportadas direto do produtor para o mercador externo.

O Brasil é um grande exportador de produtos como soja e café em grãos, e boa parte disso deve-se a Lei Kandir que beneficia a exportação da matéria-prima não industrializada.

As exportações e as vendas no mercado interno sofrem com um problema no PIS e Cofins derivado do aproveitamento de crédito. Ocorre que as mercadorias produzidas por pessoas físicas ou cooperativas adquiridas por indústrias e exportadores em geral não geram crédito.
Existem exceções como na cadeia produtiva de produtos como milho, soja, café e leite que tem um crédito presumido conforme a quantidade de intervenientes, e essa sistemática está prevista na Lei 10.925/04, no artigo 8º.

O crédito presumido sobre café por exemplo, pode ir de 10% a 80%. Se for “Café verde”, torrado e moído, ou solúvel, por exemplo conta com crédito presumido de 80%. O fato de haver essa diferenciação no entanto é apontado por especialistas como um fator que prejudica as exportações desses produtos.

O cultivo de grãos e fibras brasileiras precisa ter alta qualidade para ser exportado, e para alcançar esse padrão é necessário muito investimento. Os produtos agrícolas mesmo sendo exportados em grande quantidade, enfrentam muitas dificuldades para manter preços competitivos no exterior, um dos motivos se dá pelo fato de terem cotação em bolsa (commodities) e o câmbio não favorecer.

Ainda assim os produtos exportados do Brasil para outros países também ganham muitos investimentos de diversas esferas, pois essa atividade influência nosso PIB, é responsável por boa parte da arrecadação tributária atual, gera empregos e ajuda a compensar o déficit causado por outros setores.

As exportações do agronegócio ainda assim têm um desempenho crescente, o que faz com que os produtores se preocupem cada vez mais com a expansão dos seus negócios. E para isso o impacto tributário e operacional que esses produtores precisam avaliar antes de trabalhar com o mercado externo é muito importante.