Há algum tempo, desde 2022 especificamente, a Receita Federal poderá declarar um CNPJ inapto em decorrência de omissão no cumprimento de obrigações acessórias por 90 dias contados do prazo de sua entrega. As escriturações faltantes serão de pelo menos dois exercícios consecutivos. 

Bases legais 

Ela pode considerar uma empresa inapta por conta do art. 81 da Lei nº 9.430, de 27 de dezembro de 1996. Você pode conferir o referido artigo abaixo:
Art. 81. As inscrições no CNPJ serão declaradas inaptas, nos termos e nas condições definidos pela Secretaria Especial da Receita Federal do Brasil, quando a pessoa jurídica: 

I – deixar de apresentar obrigações acessórias, por, no mínimo, 90 (noventa) dias a contar da omissão.

Assim como este artigo, temos também a Instrução Normativa RFB nº 2.119, de 06 de dezembro de 2022 que trata desta questão do CNPJ.

Art. 38. Pode ser declarada inapta à inscrição no CNPJ da entidade que:

I – for omissa quanto ao cumprimento de obrigações acessórias, assim considerada aquela que, estando obrigada, deixar de apresentar declarações ou demonstrativos, pelo prazo de, no mínimo, 90 (noventa) dias, contado da data estabelecida pela legislação para sua apresentação;

Procedimento da Declaração de inaptidão

O Ato Declaratório (ADE) de declaração de inaptidão pode ser emitido por meio eletrônico pela unidade da Receita Federal do domicílio tributário do contribuinte.

Art. 39 Cabe ao Auditor-Fiscal da Receita Federal do Brasil emitir ADE de declaração de inaptidão, publicado no site da RFB na internet ou, alternativamente, no DOU, com a relação das inscrições no CNPJ das entidades omissas de declarações e demonstrativos.

Parágrafo único. A entidade declarada inapta nos termos do caput pode regularizar sua situação mediante entrega, por meio da Internet, das declarações e demonstrativos exigidos.

O contribuinte para saber se tem algum ADE publicado para ele pode acessar “Editais e ADE Eletrônicos” na página da RFB em “Centrais de conteúdo” item “Editais”.

Bom, se o contribuinte de fato tiver ADE publicado também será enviada uma mensagem informativa na sua Caixa de mensagens do e-CAC.

Efeitos da inaptidão

O CNPJ inativo impede os integrantes do Quadro de Sócios e Administradores (QSA) de participarem de novas inscrições.

IN nº 2.119/22

Art. 21. Impede a inscrição no CNPJ:

II – o fato de integrante do QSA da entidade:

1. a) se pessoa jurídica, não possuir inscrição no CNPJ ou de sua inscrição ser inexistente, baixada, inapta ou nula; ou;

Pois, bem fora isso, a empresa declarada inapta que não tiver regularizado sua situação no prazo de 180 dias da sua declaração de inaptidão poderá ser baixada de ofício.

Isso entre outros efeitos.

Soluções

A reativação de uma empresa inapta por omissão de declaração necessita da entrega dos documentos que ficaram faltando, ou comprovar que foram entregues.

Os contribuintes podem utilizar o Portal e-CAC, para consultar quais declarações devidas estão faltando.

O contribuinte também pode ser considerado omisso se tiver pendências de atualização cadastral. O contribuinte pode transmitir o documento básico de entrada (DBE) para alterar ou corrigir dados cadastrais.